Bonjour,
Existe t-il une commande pour nettoyer le système des vieux liens, des dossiers vides, des doublons… ?
A ma connaissance non.
Je sais simplement qu’il existe un logiciel nommé “deborphan” qui te permet d’ajouter un filtre “orphelin” dans tes dépôts et tu pourras alors supprimer les librairies orphelines (d’ou le nom du paquet : deb orphan lol).
a+
a utiliser a tes risques et perils 
je l’utilise et j’ai aucun problème
Il y a aussi Fslint qui permet de faire tout ce que tu demandes et d’autres choses aussi. A utiliser avec grande précaution toutefois 
http://www.pixelbeat.org/fslint/
@++
intéressant j embarque ^^
a part les anciennes conf dans /etc et les rep de logs dans /var/log, je vois pas ce que laisse trainer apt-get.
Et encore, on peu vider tout ca au fur et a mesure avec apt-get remove --purge <paquet>
Ce genre de filtre est d’autant moins utile si tu utilises la commande aptitude au lieu de apt-get (cette derniere ne gère pas les dépendances lors de la désinstallation d’un paquet)