Je ne connais pas grand chose dans ce domaine mais j avais le meme probleme que toi j usqu a ce que j installe ca,dailleurs je crois que matroska le damande avant de s installer.
Et au niveau lecteur video,chez moi en tous cas VLC a des lacunes avec les mkv,prefere lui windowsmedia ou bsplayer V1.37 ou encore media player classic
Es tu sûr que ffdshow est bien utilisé lors de la décompression de ta vidéo ? Dans BSPlayer, il faut faire un click droit sur la fenêtre --> options --> filtres --> ffdshow mpeg4 video decoder