OK, merci c’est bien ce que j’avais imaginé… 
En fait c’est que j’ai deux disques. Si je lance windows uniquement avec mon disque sur lequel windows est installé tout se passe bien. Dans gestion des disques mon c: est sain (system), mais lorsque je connecte mon second disque sur lequel j’ai toutes mes données persos, mon c: est sain (démarrer) et mon f: sain (system). (alors que windows est bien sur le c:)
Le gros hic de tout ça c’est que lorsque j’ai mes deux disques de connecter le pc est quasi inutilisable tellement tout est lent!!
Je pense qu’un boot.ini est présent sur mes deux disques.
La méthode que je pense utiliser (après avoir vérifié dans mon bios quel est le disque n°1 sur la séquence de boot) va être de transférer tous mes fichiers perso sur mon c: sur lequel j’ai windows, puis faire un formatage en règle du second afin de le passer en pure disque de stockage.
Ca vous parait bien comme méthode?