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Commentaires : COVID-19 : entre 10 et 100 fois plus de tests par machine, ce serait possible grâce au big data

Une start-up française, SeqOne, s’est associée à des leaders industriels pour proposer une solution permettant de très nettement augmenter la capacité nationale de dépistage.

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Il y a qu’à faire comme les allemands et ça ne coute pas un rond…

Nul besoin de faire la pub de la startup machin. Les mathématiciens se sont penchés sur le problème dès les années 1940. On peut effectivement augmenter grandement le nombre de personnes testées par rapport à la capacités de tests. En très résumé, ça consiste à faire un seul test en mélangeant les échantillons de plusieurs personnes. Si c’est négatif, tout le monde est négatif. Si c’est positif, on fait les tests individuels. En calculant proprement le nombre de personnes par test commun en fonction de la probabilité de positif, on peut obtenir des gains monumentaux.

Une explication plus détaillée ici https://www.youtube.com/watch?v=oz1afOJhHOA

Mais ce n’est pas une solution miracle :

  1. il y a le problème de la logistique du prélèvement des échantillons sur les personne, qui n’est pas un simple prélèvement de salive dans le cas du COVID19. Ça pourrait être le facteur limitant quelle que soit la solution retenue
  2. la solution mathématique est connue des labos mais en temps normal non pratiquée (pour des raisons expliquées dans le 4e commentaire sous la vidéo)
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La machine est une chose… reste le (les) prélèvements qui sont manuels et plus délicats qu’il n’y paraît (écouvillon ou sanguin). Et là, pas de multiplexage possible !

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C’est même pire que ça : les tests ne sont pas l’élément limitant pour lutter contre cette épidémie et on pourrait même s’en passer complètement.

La procédure de lutte mise en place à partir du 11 mai en France est Test/Trace/Isole : on teste les nouveaux cas, pour chaque cas confirmé on trace ses contacts qui sont à leurs tours testés, puis on isole les positifs. Si à partir du 11 mai, on a 1000 nouveaux cas confirmés chaque jour (peut-être moins en réalité mais ce n’est pas l’objet) et que chaque cas nécessite de tester en moyenne 20 contacts, cela fait seulement 21 000 tests/jour à faire, soit bien moins que la capacité qui sera disponible.

Alors pourquoi prévoir de pouvoir tester 100 000 personnes par jour ? Ça laisse de la marge si l’épidémie reprend (Édouard Philippe parlait de pouvoir traiter 3000 nouveaux cas/jour ce qui donne avec l’hypothèse de 20 contacts 63 000 tests quotidiens) et ça offre la capacité de faire des tests systématiques dans des cas ciblés (maisons de retraite, prisons, écoles, personnels soignants etc.).

Mais pourquoi faire des tests de toute façon ? On peut lutter contre cette épidémie sans test du tout : on trace les contacts de chaque personne qui se présente avec des symptômes et on les isole 14 jours sans même se préoccuper de les tester. Ça fait grosso-modo 100 000 personnes à isoler chaque jour, soit à tout moment, 1.4 millions de personnes isolées (3 à 4 fois plus de personnes présentent les symptômes sans que ce soit du Covid-19). Cette méthode évite tout test mais abouti à un nombre énorme de personnes isolées (bien plus réduit que les confinés d’aujourd’hui ceci-dit) et donc un stress très important pour la population.

Les tests servent en réalité à trois choses : fournir le traitement adéquat, minimiser le nombre de personnes isolées et rassurer la population. Les éléments limitants de la lutte sont le traçage et l’isolement, pas la capacité de test dès lors qu’elle est suffisante. Rien que pour les « brigades de traçage », il faut être capable de mobiliser en France pendant des mois grosso-modo 20 000 personnes, ce qui est absolument énorme. Pour l’isolement, il faut environ 50 000 lieux d’isolement, ce qui est aussi très important. Mais avec 100 000 tests quotidiens, on a tout ce qu’il faut. Désolé pour SeqOne…

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Ce qui est extraordinaire c’est de nous vendre des solutions complètement irréalistes alors que la France démontre qu’elle a réagi comme un pays sous-développé et pas comme l’Allemagne. Expliquer qu’on a pas besoin de tests alors qu’on a même pas le nombre de porteurs asymptomatiques apparaît encore plus bizarre.

Il est important d’effectuer les tests pour trois raisons:
1- identifier le plus rapidement possible les personnes infectées afin de les orienter vers les soins les plus adaptés,
2- perdre un minimum de temps avant de tracer les individus qui sont rentrés en contact avec les personnes infectées afin de les isoler et ainsi réduire la transmission (la fameuse R0),
3- effectuer une veille épidémiologique, suivre l’évolution de l’infection afin anticiper une éventuelle deuxième vague d’infection.

La solution de mutualisation simple des échantillons est actuellement utilisée par les vétérinaires pour tester des animaux. Cette procédure n’est pas la plus adaptée au dépistage COVID-19 car en cas de résultat positif, il faut faire individuellement des tests, ce qui double le temps de rendu tout en impliquant de faire substantiellement plus de tests et parfois de prélever une deuxième fois les individus concernés.

L’approche que propose SeqOne est conçue pour effectuer un grand nombre de tests prenant en compte les contraintes humaines, matérielles et logistiques. Le procédé est basé sur un mélange d’échantillons permettant d’augmenter le nombre de tests effectués et utilise un « barcodage moléculaire » pour tracer chaque échantillon une fois mélangé. Ainsi le résultat par échantillon est obtenu directement, sans analyse complémentaire. La précision du test a été validé au travers d’une comparaison avec des résultats obtenus par des approches traditionnelles qPCR. Le protocole offre la possibilité de se dispenser de certaines étapes du test (notamment la phase d’extraction ARN pour les initiés) pour réduire les contraintes matérielles et logistiques. Une intégration avec les logiciels de gestion d’information patient et les séquenceurs permet d’automatiser le processus allégeant ainsi certaines des difficultés logistiques, tout en préservant la sécurité des données patients.

Le systeme de SeqOne limite les investissements supplémentaires en utilisant les sequenceurs haut débit déjà en place et peu utilisés en ce moment. On doit noter que cette solution permettra à court terme de contribuer au nombre de tests réalisés pour renforcer le dispositif national et en complément à créer un outil épidémiologique qui permettra d’être mieux armé pour les prochaines vagues/épidémies.

25 000 morts, et nous en sommes à faire la pub de la Startup X, puis Y, puis Z etc… Tant mieux pour elles, mais franchement, vouloir faire la promotion de ces pseudos innovations, ayant pour seul but de surfer sur la vague COVID et pour récolter d’avantage de fonds, c’est vraiment pas top. La France est à la ramasse pour nous fournir des masques, à la ramasse pour nous fournir des écouvillons, donc avant de vouloir investir dans ces supers machines, elle ferait mieux d’investir dans ce qui est réellement utile…