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Calcul distribué Rosetta@Home / BOINC : rejoignez la team Clubic

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Pour donner suite à nos articles et tutoriels sur le sujet, il me semblait pertinent de réunir la team Clubic Rosetta@Home sur le forum. Ce topic a donc pour vocation à partager autour de ce sujet, mais aussi à guider les nouveaux arrivants si besoin.

Premièrement, rendons à César qui appartient à César, en remerciant chaleureusement ceux qui nous ont rejoints dans l’aventure Rosetta@Home. Notre équipe compte près de 40 membres dont la plupart sont actifs et partagent régulièrement leurs ressources inexploitées ! C’est un début et une belle contribution dans ce projet qui concentre actuellement ses forces dans la lutte contre le Covid 19 (ou « la Covid 19 » si vous préférez suivre les recommandations de l’Académie française).

Pour les nouveaux arrivants et futurs généreux contributeurs, je vais brièvement, ci-dessous, exposer les différentes ressources qui vous permettront de participer à Rosetta@Home et de rejoindre la team Clubic. Mais avant toute chose, rappelons ce qu’est ce projet et pourquoi nous l’avons choisi plutôt qu’un autre.

Rosetta@Home, c’est quoi ?
Le projet R@h est né en 2005 avec pour objectif d’aider à prédire la structure de certaines protéines par le biais de modélisation en 3D. De cette manière, le projet Rosetta contribue à l’élaboration de traitements pour de nombreuses pathologies humaines, mais sa force est surtout d’avoir recours à une approche différente en permettant la prédiction de structures de protéines sans la nécessité de s’appuyer sur des structures homologues (méthode de novo ). Je n’irai pas plus loin, car la méthode est complexe et difficile à appréhender sans un bagage scientifique conséquent et l’heure n’est pas à la vulgarisation. Néanmoins si le sujet vous intéresse il existe de très bons ouvrages comme Structure et fonction des protéines de Petsko et Ringe.

Pourquoi rejoindre Rosetta@Home ?
On entend beaucoup parler Folding@Home en ce moment, qui lui aussi mène la bataille contre le coronavirus. Ce projet jouit d’une énorme popularité, à tel point qu’il a franchi le cap de l’exaFLOP, une puissance de calcul 10 fois supérieure à celle de Summit, le supercalculateur d’IBM.

Folding@Home comporte en effet quelques avantages, dont celui de mettre à profit la puissance de calcul de la carte graphique, ce qui n’est pas le cas de R @ h. Malgré tout, nous avons choisi de rejoindre l’aventure R @ h pour plusieurs raisons : le projet est accessible via BOINC, ce qui signifie qu’il est possible de facilement le faire tourner sur nos ordinateurs de bureau et laptops (Windows, Linux ou MacOs), mais aussi sur les appareils Android et iOS. Oui, BOINC est disponible pour les smartphones !

L’équipe de développeurs de BalenaOS s’est en effet récemment attaquée au portage du projet sur appareils équipés d’un processeur ARM. Nommé FoldForCovid, ce projet inclus un grand nombre de Single Board Computer (SBC) comme les Raspberry Pi, NVIDIA Jetson et autres. Le projet peut évidemment être déployé sur bien d’autres appareils.

Rosetta@Home en quelques chiffres : près de 1.500.000 utilisateurs au total, mettant à contribution plus de 3 millions d’appareils pour une puissance de calcul estimée à environ 1339 TeraFLOPS.

Les ressources
Brièvement, voici les différentes ressources à votre disposition pour rejoindre le projet ou en apprendre un peu plus :

Encore merci à ceux qui ont pris le temps de me lire, qui nous ont rejoints et qui nous rejoindront. Si vous avez des questions, besoin d’aide pour paramétrer BOINC, pour déployer le projet sur vos nano-ordinateurs et ainsi de suite, c’est ici que ça se passe !

Info si jamais vous rencontrez actuellement un problème avec Rosetta@Home et BOINC : le projet Rosetta a changé d’URL en passant au SSL - https://boinc.bakerlab.org/rosetta. Vous pouvez donc indiqué à BOINC « Pas de nouvelles tâches » puis attendre la fin des tâches en cours pour supprimer le projet et le recréer aussitôt avec la nouvelle URL.

Dans un premier temps BOINC rencontrait un problème avec cette nouvelle URL, empêchant la connexion au projet, mais cela a été résolu via un patch paru aujourd’hui même avec la version 7.16.7 du logiciel.