Sinon, tu ne fais que des URLs absolues (par rapport au serveur).
Ou tu recalcules les liens par rapport à la source du document. En gros, si le lien est foobar/toto.php
Alors tous les sous liens relatifs (ne commençant pas par un protocole ou un /), peuvent être préfixés par foobar : le truc, c’est qu’il te faudra aussi retravailler les liens des images, des scripts (je crois qu’ils ne sont pas lus par Prototype, j’avais vu ça dans la doc), … d’où l’intérêt d’iframe